潔凈廠房有以下幾個不利于防火的因素，業主和潔凈廠房設計者需重點關注。

1、潔凈廠房空間密閉，維護結構氣密。一旦火災發生后，潔凈室內部一方面因熱量難于泄漏導致迅速升溫，可能發生大面積著火燃燒，另一方面因燃燒不合理，煙量較大不易排出，使室內能見度大大降低，令人窒息昏厥，對于疏散和撲救極為不利。并且由于熱量無處泄漏，火源的熱輻射經四壁反射室內，大大縮短全室各部位材料達到燃點的時間。當潔凈廠房外墻無窗時，室內發生的火災往往一時不容易被外界發現，發現后也不容易選定撲救突破口。

2、潔凈廠房建筑內設有人員凈化用室、物料凈化用室等，一般平面布置曲折，潔凈區對外的總出入口少。各生產用室因潔凈度分區以及生產流程等需要，內部區劃分隔復雜，工作人員平時出入要通過迂回的路線，增加了疏散路線的障礙，延長了疏散的距離和時間。潔凈廠房內各個潔凈室都通過風管彼此串通，一旦發生火災，特別是火勢初起未被發現而又繼續送風的情況下，風管成為煙、火迅速外竄，殃及其余房間的主要通道。

3、潔凈廠房主體結構的耐火等級以及頂棚構件耐火等級都將對于防止火勢蔓延起著十分重要的作用。同時，易燃易爆物質、火災危險性高，對于潔凈廠房構成潛在的火災威脅。業主需高度重視該因素。