醫藥凈化工程潔凈室施工涉及裝飾、暖通、電氣和醫用等專科技術，裝修施工人員須對潔凈室施工規范、施工工藝、施工質量有多方面認識，否則施工質量很難得到保障。圍護結構的密封施工質量關系到醫藥凈化工程潔凈室內密封控制質量，如板材與板材之間應均勻涂密封膠，達到嚴密不漏風;潔凈室內的嵌壁器械柜與墻體之間、壁板上安裝 的插座、開關、煙感探測器、照明箱體及醫用燈帶、觀片燈等都需要用密封膠進行密封，且器械柜中的各種管道和箱體之間也都須采用可靠和有成效的密封措施。

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　　  施工中應關鍵點是控制管道加工、管道施工和設備的安裝質量，送回風系統管道的密封對醫藥凈化工程質量控制有關鍵性作用。密封可以防止不潔凈的空氣進入風管，阻止了風管內受污染的空氣透滲出去，從而可滿足潔凈室內的潔凈度，和延長高能效過濾器使用時間。
    管道加工時應著重做好風管設備的清潔，和管道加工過程中的密封措施。管道加工時應采用優異性能的鍍鋅鋼板制作，滿足平整、光滑、堅固及耐侵蝕的要求;消聲器內充填的消聲材料應不產塵、不掉渣(纖維)、不吸潮、沒有污染環保材料，不得用松散材料。纖維材料應為氈式材料，外覆可以防止纖維穿透的包材，不應采用泡沫塑料和離心 玻璃棉。

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    風管制作前用中性洗滌劑去油污，制作過程中防止劃傷，制作結束用白綢布揩擦內表面，應無任何油污、灰跡為清洗合格。風管管段加工清洗合格后用塑料薄膜保護好風管兩端，再運至醫藥凈化工程現場安裝，所有風管配件及設備在安裝前都須擦拭干凈。
    管道連接及設備在醫藥凈化工程安裝過程中，應注意做好密封措施，避免二次污染，由于軟管、軟接頭有滯塵的問題，所以凈化管道和機動設備連接時可用軟接頭，但在管路上不宜使用。依據東鑫多年凈化工程施工事實告訴我們，軟接頭也是微生物二次污染一個重要來源。因為軟接頭通常不保溫，結露就在容易在這里發生。對醫藥凈化工程潔凈室來說，即使是少量軟接頭也須采取雙層或保溫軟接頭的措施。 

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    其次，控制二次微生物污染比二次污染更有意義，也更容易被忽視。二次微生物污染含在二次塵污染中，主要含在空調處理裝置中。空調處理裝置在運行時積累的病菌和塵粒，在醫藥凈化工程停運期間，高溫高濕的環境，和塵粒提供的營養為微生物的繁殖提供了特別有利的條件。新繁殖的微生物及其釋放出的有害、有味氣體和大量有害代謝物、尸體和碎片------這之中有很大一部分是高能效過濾器不能阻擋的，于是就構成了微生物二次污染。