萬級無塵室在使用過程中監控正常的運行和維護，應對室內的運行狀況及相關設施進行定期檢查。

例如，在規定的時間、地點，用粒子計數器測定控制粒徑的微粒數;在規定時間、地點測定沉降菌落數或浮游菌數等;溫濕度方面，在規定的時間、地點測定和核對連續測定記錄。  

萬級無塵室工程圖

測量凈化空調系統的過濾器的壓差，檢查空氣過濾器是否堵塞、安裝的密封墊是否完好或過濾器損壞引起的泄露情況，使用風速計檢查局部排風裝置的風量;使用噪聲測定儀在規定的時間、地點測定噪聲值。

萬級無塵室工程

另外，應檢查送風機軸承、送風機的運行狀態、塵埃和污物，以及送、回風管道內部和送風口的腐蝕及污垢等情況;檢查萬級無塵室內是否保值清潔、頂棚和墻面是否有裂縫或腐蝕;涂敷狀態、機械和設備類有沒有異?，F象等，必須逐個列表檢查，不能遺漏任何一項;使用照度表在規定的時間、地點測定照度值;使用壓差表測定萬級無塵室內外的靜壓差等。