無塵室在使用的過程中應定期進行衛生清潔和定期使用適宜的清潔液進行清潔，選用的清潔工具，如抹布、拖布等，需具有不脫屑、不產塵的特點，以防止給無塵室帶來的二次污染。

食品無塵室裝修工程

選用清潔劑種類與操作方法要進行有效的驗證方法后方可使用，并應定期更換不同的清潔劑種類，以防微生物產生耐藥性而不被殺死。無塵室常用清潔劑品種有75%酒精、0.1%新潔爾滅、Exspor溶液、5%麝香草粉溶液、2%戊二醛溶液等。清潔、清潔的程序應遵從一定的空間順序以保證效果，應由高到低、從內而外，從高級別潔凈區向低級別潔凈區方向進行清潔、清潔操作。

生物無塵室裝修工程

懸浮粒子和微生物的測試是評價無塵室空氣潔凈變的重要指標。為保證無塵室的環境符合相應級別的要求，需要定期對環境進行監測和驗證，需監的項目包括:溫適度、壓差、換氣次數、微生物(沉降菌和浮游菌)、塵埃粒子和(流流型等。