醫藥工業潔凈廠房中無塵車間工程設計中的凈化空調系統，其造價、運行能耗較普通空調系統都高很多。因醫藥行業的特殊性，導致醫藥工業廠房中產成品的品質要求往往也非常嚴格。系統設計中容易出現的一些問題，會對其運行的穩定性、經濟性及產品質量產生長期的不利影響。在許多凈化無塵車間工程設計工程中，發現某些工程在系統設計、設備選型、安裝等方面存在不少問題，在此就這些問題進行分析并提出一些解決方法。
1系統設計中風量、風壓的確定。

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    醫藥工業潔凈廠房凈化空調系統的特點是送風需經初、中、高能效三個等級過濾，且根據潔凈度級別的不同，送風量應達到相應的換氣次數下限。隨著使用時間的延長，三個等級的過濾器阻力會逐漸增加。一般其阻力值達到初阻力兩倍時，應對過濾器進行清洗或更換。但隨著阻力的增加，系統風量會不斷下降。因而在設計系統風量、風壓時，應滿足系統終阻力下的特別低換氣次數要求。目前有些凈化空調工程設計的風壓按過濾器初阻力設計，而風量按規范下限選取。這種設計雖然設備容量小、初投資少，
  2凈化空調糸統與舒服空調糸統混用的問題
    凈化空調系統末端的空氣處理設備是高能效過濾器，其初阻力--般大于220Pa。而普通舒服或工藝空調進風末端設備是散流器或百葉風口，額定工況下阻力一般小于60Pa。目前，有些工程中在凈化空調系統送風管上分出支管，向非凈化區送風。

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    在額定工作狀態下，高能效送風口與普通送風口的阻力相差較大。因此，若在同一系統內使用，無塵車間工程大量送風將涌向普通送風口。為平衡風量，須調節風閥，但要通過調節閥門降低300500Pa的風壓也非易事。有時，因閥門質量問題，即使調節閥完全關閉，其漏風量仍然超標，而且噪音很大。如果特殊原因需要從潔凈空調分支管，末端應當設置高能效送風口。
    凈化無塵車間工程凈化空調系統與舒服空調混用，因非潔凈區圍護結構密閉性一般較差，漏風量大，若回風的質量無保證，故增加了各級過濾器的負擔，影響使用壽命。若非潔凈區不設回風，全部排掉， 則勢必使新風量增加，加大了新風負荷，導致風機運行能耗及冷熱量消耗相應增加。