醫藥凈化工程車間對于空氣的潔凈度要求非常的高，從萬級、十萬級到百萬等級要求，分別對應不同的空氣過濾器的選擇。潔凈車間空氣過濾器中級和高等級過濾器；中效空氣過濾器應根據小于或等于額定風量選擇；中效空氣過濾器應集中在凈化工程空調的正壓段。如100級以下選擇A類或B類，100級以上則需要選擇C類過濾器；高溫高濕條件下宜選用金屬分隔板和金屬框架的過濾器；有防腐要求的宜選用塑料分隔板和塑料框架的過濾器；有防火要求的，過濾器所有材料應為不燃性等功能。

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   醫藥凈化工程空調系統衛生狀況檢測結果中，風管內表面積塵量超過GB 19210、GB 50365及WS 394 的規定時，應自行清洗(具有相關清洗資質），或委托專門清洗機構對大型空調系統清洗，要求通風系統按照GB 19210、 GB 50365及WS/T 396的要求進行清洗，使其符合GB 19210、GB 50365及WS 394的規定、規范。

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   醫院懷疑暴發傳染或疑似暴發，與具體的當時環境有關時，應進行目標微生物檢測。并根據醫院傳染暴發的具體情況，規定抽查監測的頻率和抽檢房間的覆蓋比例。其監測方法及結果的判定，應符合GB 15982 的規定。如果病菌菌落超過GB 15982規定的標準值，應立即關閉該區域大型空調系統，并對其采取檢查、清洗、消菌等整改措施然后重新檢測，菌落總數符合GB 15982規定的標準值后方可再次投入使用。

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   醫院醫藥凈化工程建筑物某區域內，發現可能通過大型空調通風系統擴散的傳染病例，或者疑似傳染病、有毒有害氣體、粉塵等時，運行操作人員應立即關閉該區域全部風口，或立即停止該區域大型空調末端設備。